以前行業增速快，企業效益好，經營壓力小，在管理上投入比較少，一俊遮百丑，掩蓋了企業粗放型管理本質，職能體系化建設發育不健全，應對外部經營環境和政策調整的能力不足，醫藥財務也不例外，大多呈現“小、弱、低、慢、狹”局面。
（一）兩票制重整藥品交易結構
藥品交易及開票繞開了過票公司，以前普遍由外部機構（過票公司或關聯公司）進行高開票處理的職能將回歸到工業，底價轉高開已成必然。廣大的代理商和自然人失去了過票公司的掛靠，一直以來與工業發生“藥品交易+推廣的職能”將會被政策剝離只剩下推廣服務職能。
（二）營改增
國家采取的是以票控稅模式。營改增后，增值稅發票，特別是增值稅專用發票的管理非常之嚴，虛開發票與刑事責任掛鉤，玩票就是玩命。同時，金稅三期工程利用“大數據+云計算”構建起了高效、嚴密的監控網絡，無所遁形。
（三）底價轉高開的難點
工業如不高開，出廠價格信息追溯會導致產品價格體系崩盤，代理商也難操作，商業也不敢配送。
（四）自營模式遇到更大的挑戰
相對于底價公司來說，由于銷售團隊是自己公司雇傭的員工，銷售費用無論是以工資、獎金、提成、費用報銷等方式來處理，都會遇到大量的無票費用，按規定，個人所得稅是免不了的，如果照此路徑運作，收入-成本倒掛，整個經營體系將垮掉。
（五）高開高返隱藏著巨大的風險
高開高返的本質依然還是底價結算，只不過發票采用高開而已。在合規要求日益提高的當下，高開高返面臨著比底價和自營更大的風險。因高開高返存在廠家與代理商之間資金的雙向流動（既有底價+稅金匯入廠家，又有廠家返款給代理商），相關主管部門對此難免會有質疑。
（一）財務建設歷史欠賬多，難成體系。
（二）大部分醫藥財務處于核算型會計階段。
1、對市場業務和政策出臺缺乏深刻理解。
2、閉關鎖企。財務組織學習能力退化，知識、技能、信息落后，同外面接觸的少，對優秀的同行業缺乏對標和研究。
3、缺乏推動商務、市場推廣和營銷等內外部的整合力量；
（三）對新政缺乏系統了解和技能儲備
（四）企業缺乏財稅領軍人物。
尤其是缺乏操盤過醫藥財稅籌劃的頂尖專家。
（一）簡單地認為提升財稅能力就是財務部門的事
認為“財稅能力=財務能力+稅務能力”，那就是財務部門的事。況且財稅壓力一般是從市場傳到營銷部門的，在一個企業中，營銷部門是比較強勢的，會借助企業老板聯手把這個燙手山芋甩給財務部門，財務部門想躲也躲不掉，想扛也扛不動，在很多藥企形成一個“財務騎虎困境”，進退兩難。
（二）觀望意識濃厚，對醫藥行業供給側改革缺乏深度和力度的認識。
（三）想得簡單，認為財稅能力提升就是解決票據獲取和流通問題。
（四）對財稅能力建設方面舍不得投入。認為公司的財務部門能自己搞定，沒必要花錢請專業的頂尖機構幫助解決。
（五）未能提升到戰略層面，從頂層治理上去推動。
藥廠整體規劃、代理商（含自然人）日常營運、商務體系進行重構和推廣革新等子系統做好了，才能合規合法落地，才能服務企業的業務發展。這就需要從醫藥生態鏈上進行整體把握，從公司頂層設計上布局，多層次聯動疊加，協同實施，
（六）自掃門前雪。
缺乏系統經營安全觀，采取短視行為，僅僅給代理商簡單培訓下，就讓代理商去執行，把財稅壓力推給代理商。這不利于形成廠家+商業+代理商+自然人三合一的大循環財稅系統。
（一）醫藥行業的優秀專業服務機構少。提供培訓的多，有過成功操盤案例的更少。
（二）中介機構與藥企之間互信度還不夠。尤其是財稅問題既敏感又涉及業務安全，需要足夠的信任。
（三）藥企普遍要求比較特殊。不但要求專業機構提供解決方案，還要保證全部或局部落地。這與目前中介機構通常只提供項目方案的操作模式還是有一段認知差距。
