2010年，北京醫藥股份有限公司與天壇醫院合作，由北醫股份負責醫院藥庫的管理和服務。這樣的合作方式是由醫院制訂藥品目錄，將藥品采購、物流管理、藥房藥品上架維護與藥品用后結算等工作全部下包給一家專業藥品流通企業。
藥房托管作為一個新生事物，是醫藥分開的改革背景下，藥學部門從醫院的利潤中心轉變為成本中心的結果。但是，這究竟是改革的必然，還是醫院在補償一時無法到位情況下“甩包袱”的行為，眾說紛紜。
有人認為，醫院藥房是醫院從事醫療活動的區域，醫院藥師屬于醫務人員，而藥學服務更是醫療活動的重要組成部分，與醫療質量息息相關。因此，企業不應踏入這一區域，無論是利益分成，還是分擔管理成本，都是變相的“以藥補醫”，應該明確杜絕。但也有人認為，長期以來醫院藥師承擔了大量的物流工作，他們應該抽身從事更為重要的藥學服務，那么就必須要將這部分工作交給“更專業的人”完成。
藥房托管最早起源于對醫藥分開的探索，政府和社會都希望通過藥房托管實現醫藥分開的理念。藥房托管的核心在于它必須同時滿足醫療機構和藥房托管者（藥商）的利益訴求，因此它難免是利益協作的產物，無論用哪種模式的藥房托管，都難以真正起到醫藥分開的作用。
雙方不管采用哪種模式的合作，都是有償托管，藥品企業在托管過程中，不管是通過集團化運營、集中運營還是其他途徑，企業一定要實現它的利益訴求。而對醫療機構來說，同樣是有利益考慮的，醫療機構之所以把藥房托管出去，主要動因還是在公立醫院取消藥品加成后各種補償不到位的情況下，希望從中獲得一定的補償，同時這種補償又能在形式上符合法律規范。但是從本質上來看，企業付給醫療機構的租金并不是基于成本的，其中還是存在著溢價，這就決定了藥房托管仍然沒有走出以藥補醫的老路。
藥房托管一定程度上不利于保障藥品供應。從提高效率、采購、供應上來看，藥房托管似乎是提高了效率，但是從本質上看，企業運作以后，難免會謀求用更便宜的藥品追求最大化的利潤。可是當藥品更便宜、成本更低、留給企業更多利潤空間的時候，藥品的質量就很難保證了。所以在藥房托管模式的激勵下，企業缺乏維持藥品質量的動力。
在“兩票制”與“藥品零加成”兩項制度下，如何打造一個行之有效的藥房管理、藥師培養和藥事服務的專業化管理團隊，同時有效降低醫院運行成本，降低老百姓看病負擔，提升用藥安全性，是當前亟待解決的核心問題。
2013年開始，上海市第一人民醫院對藥品管理模式進行改革。推行SPD（supply processing distribution）供應鏈新模式，由醫院制訂藥品目錄，將藥品采購、物流管理、藥房藥品上架維護與藥品用后結算等工作全部包給一家專業藥品流通企業。而藥師則從繁瑣的事務性工作中脫身，專注于處方審核、藥品復核、藥物咨詢、用藥監護和藥師深入臨床等專業性工作中。
SPD供應鏈新模式取得了以下幾方面的顯著成效：一是實現了藥品一級“零庫存”管理。醫院無需再建設大型藥庫囤積藥品，資金的結算方式與傳統醫院相比發生了很大變化，實時結算模式，每月能減少醫院很大一部分藥品占用資金；二是提升了藥學服務專業化水平，通過專業物流人員管理配送、專業藥學人員指導用藥，提高了藥品流通的安全性和臨床用藥的科學性；三是藥品供應鏈服務模式化，醫院藥品供應鏈服務外包，其本質是通過供應鏈模式的重塑，將其整體前移，協助醫院降低藥品供應鏈成本，最終體現在社會醫療成本的降低，從而使患者受益；四是醫改成本社會化，為醫院改革創造了更優的條件。
沈陽藥科大學
國際食品藥品政策與法律研究中心 楊悅
新醫改后，公立醫院藥房改革模式實現了形式上的分離，但是否真能取消“以藥養醫”，還有待思考。
第一，單純地進行公立醫院藥房改革，未解決醫患信息不對稱問題。從目前情況來看，公立醫院藥房改革的各種模式，僅僅是為了應對藥品零差率銷售，甩掉醫院藥房維持運行的成本包袱，并未從根本上解決醫師與患者信息不對稱的問題，也未切斷醫藥利益關系，特別是企業與醫院、企業與醫生的隱性利益關系。
第二，企業參與公立醫院藥房改革難掩“以藥養醫”本質。藥房托管和不完全托管均有企業參與，是醫院、托管企業與制藥企業的利益博弈，公立醫院急于甩掉零差率下藥房的成本包袱，托管企業希望借此壟斷醫院的藥品采購權、議價權，制藥企業因增加成本而不愿托管企業進入已經形成的藥品流通環節。事實上，藥房托管和不完全托管模式下醫院和托管企業已經形成利益共同體，只實現了形式上的“醫藥分開”，醫藥利益關系變得更加隱蔽，企業參與醫院藥房經營后醫院不再受藥品費用占比等限制，如果缺乏監督，大處方、高價藥、過度診查、“回扣”等問題也會在暗中進行，這與公立醫院藥房改革的初衷并不一致。
第三，企業參與公立醫院藥房改革后，藥學服務和藥品調配質量受到影響。醫院藥房的功能除了藥品調配外，還包括藥學服務與咨詢、藥品不良反應監測等藥學技術工作。企業參與公立醫院藥房改革后，上述藥學技術工作改由托管企業承擔，有些醫院反映藥學服務以及技術性較強的中藥調劑工作質量受到影響較大。醫院藥房原有藥師若也由企業管理，企業受利益驅動控制大處方意向降低，藥師的處方審核和處方監督作用也會更加弱化。
從長遠看，藥房托管、藥管中心等模式不應成為公立醫院藥房改革的方向。藥房改革應避免形式上的社會化，避免實質上更加隱蔽的“以藥養醫生”。要想徹底解決“以藥養醫”，必須采取綜合改革措施，包括公立醫院管理體制改革、補償機制改革、醫保支付方式改革、績效與薪酬改革等等。
華中科技大學同濟醫學院
藥品政策與管理研究中心 陳昊
公立醫院藥學部門在深化醫改實施伊始成為引人關注的風口浪尖角色，加速從醫院的利潤中心轉變為成本中心。應對取消藥品加成，許多公立醫院采取了藥房托管、商業企業供應鏈延伸服務、供應鏈外包服務甚至完全剝離門診藥房的做法。隨著公立醫院科學補償機制逐步建立，社會藥房執業藥師藥學服務能力逐步成熟，“以藥補醫”機制終將消除，公立醫院藥學部門的經濟職能終將被弱化直至消失，醫院藥學部門的職能也終將回歸到單純承擔醫院的藥學服務功能。
我國公立醫院改革的重要目標之一是通過精益化管理，借助信息化、智能化手段，逐步把非醫療業務剝離出來，推進專業管理以提升醫療效率、提高醫療服務質量。作為社會健康服務重要的提供者——醫院藥學部門及藥師要最大限度地發揮自身專業知識和能力，有效地服務于社會，同時體現出醫院藥學部門持續的專業生命。
